今日色々とAzure Web Appsで設定をしていて、デプロイオプション周りでハマりました。とはいえ、わかってしまえばどうと言うことのないことなので、簡単に説明していきます。
Azure Web Appsでデプロイオプションを変更すると、~/.sshが初期化される
見た通りのことなのですが、例えばn0bisuke氏が書いたこのエントリを参考にデプロイ設定をしたとします（なお、リンク先は本当に参考になるエントリです）。
で、一通り設定が終わった後に、Azure Portalから「デプロイオプション」> 「切断」を実行すると、 ~/.ssh の中身が空っぽになります。
この挙動に気がつかないと、改めて「デプロイオプション」を再設定しても「なぜかgit cloneに失敗する」という状態に陥ることになります。
まとめ
デプロイオプションを変更したら、 ~/.ssh の中身を確認しましょう。